Die Beifuß-Ambrosie ruft schwere Pollenallergien beim Menschen hervor. Zur Blütezeit zwischen August und Oktober mit Höhepunkt der Saison Ende August/Anfang September setzen die Pflanzen relativ spät im Jahr große Mengen an Pollen frei. Da zur Blütezeit der Ambrosie die meisten allergieauslösenden Pflanzen bereits verblüht sind, verlängert die Beifuß-Ambrosie die Beschwerdezeit vieler Menschen. Die allergischen Reaktionen auf die Ambrosia-Pollen können unterschiedlich sein und beispielsweise Bindehautentzündung, Heuschnupfen (Rhinitis) oder gar Asthma umfassen.
In Gebieten mit großen Ambrosia-Vorkommen wie z. B. in einigen Regionen in Frankreich und Italien, leiden bis zu 12 % der Bevölkerung an Allergien, die mit Ambrosia-Pollen in Verbindung stehen. Die Allergene der Pollen haben ein besonders hohes allergenes Potenzial und es tritt bei einer Allergie gegen Ambrosia-Pollen etwa zweimal so häufig Asthma auf wie bei anderen Pollenallergien. In Nordamerika, dem Heimat-Areal der Beifuß-Ambrosie, leiden nach Angaben der „Asthma and Allergy Foundation of America (Washington, D. C.)“ zwischen 10 und 20 % der Bevölkerung an einer Allergie gegen Ambrosia-Arten. 75 % aller gegen Pflanzenpollen allergisch reagierenden Amerikaner, reagieren auch allergisch auf Ambrosia-Pollen. In Australien, wohin die Art ebenfalls eingeschleppt wurde, wird A. artemisiifolia daher auch „Asthma plant“ genannt. In der Provinz Quebec in Kanada, entstehen durch Allergien auf Ambrosia-Arten jährlich Gesundheitskosten von ca. 50 Mio Can. $ (ca. 30 Mio €). Auch in europäischen Ländern mit größeren Beständen der Beifuß-Ambrosie treten bereits hohe Kosten im Gesundheitswesen auf (z.B. in Italien). In Deutschland entstehen durch die Ambrosia-Arten nach Schätzungen einer vom Umweltbundesamt erstellten Studie heute schon Kosten im Gesundheitswesen zwischen 17 und 47 Mio € jährlich. Nach Berechnungen der EU kostet die medizinische Behandlung eines Allergikers pro Jahr etwa 630 €.
Neben negativen Auswirkungen auf die menschliche Gesundheit bereitet A. artemisiifolia in verschiedenen Ländern Probleme im landwirtschaftlichen Bereich. Die Art ist beispielsweise in Nordamerika ein gefürchtetes Unkraut und wird in vielen Bundesstaaten wie z. B. in Illinois und Oregon auf der Liste der „noxious weeds“ aufgeführt. Ökologische Untersuchungen aus den USA beschreiben, dass A. artemisiifolia eine große genetische Plastizität aufweist und eine sehr erfolgreiche Pionierpflanze auf offenen Standorten ist. Sie ist in ihrem Heimatland in der Lage, relativ artenarme Dominanzbestände aufzubauen.
Die Beifuß-Ambrosie ist eine recht unscheinbare Pflanze ohne auffällige Blüten. Dadurch wird ihre Identifizierung und Bekämpfung erschwert. Sie ist von ihrer Erscheinung her leicht mit verschiedenen Arten zu verwechseln.
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